Фамилия Нищаков — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает неожиданный смысл. На первый взгляд, корень «нищ-» очевидно указывает на бедность. Однако в русских фамилиях прямое прозвище «Нищий» или «Нищак» встречается крайне редко: называть человека официально нищим было не принято, это скорее уничижительная кличка, которая закреплялась за чужаками или бродягами. Но есть и другая, более правдоподобная версия.

Основа могла произойти от нецерковного имени Нищак — уменьшительной формы от имени Никита (через народное Никишка → Нищак). В говорах «соканье» или замена «к» на «щ» встречалась: Никита превращалось в Нищета, Нищата. Так что предок Нищаков мог быть просто Никитой, а фамилия закрепилась за его потомками по модели «чей?» — Нищаков, то есть сын Нищака.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую фамилию, образованную от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Если бы основа звучала как Нищак, то притяжательная форма дала бы именно Нищаков. Менее вероятно, но допустимо, что прозвище «Нищак» давали человеку скудного достатка или тому, кто жил подаянием, — но в этом случае фамилия носила бы резко негативный оттенок, что нетипично для русского фамильного именования.

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, без явного гнезда. В дореволюционных списках и переписях Нищаковы фиксировались в основном в центральных и северных губерниях — там, где имя Никита было особенно популярно. Спорных версий, кроме двух названных, практически нет: корень слишком прозрачен, чтобы искать в нём тюркские или финские следы.

Таким образом, с большой долей вероятности Нищаков — это «сын Нищака», то есть потомок Никиты в народном произношении. Прямая связь с бедностью возможна, но скорее как вторичное созвучие, а не исходный смысл.