Фамилия Нищименка — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти однозначно, но корень остаётся предметом спора. Суффикс -енк- типичен для украинских фамилий, особенно распространённых на Левобережье (Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина). Форма на -ка, а не на -ко (сравните: Нищименко) — не ошибка, а вариант, который мог закрепиться в письменных источниках из-за местных говоров или канцелярской записи.

Основа «Нищи-» отсылает к древнерусскому слову «нищий» — человек, живущий подаянием, бедняк. В прямом значении прозвище Нищий давали не обязательно тому, кто просил милостыню. В XV–XVII веках на южнорусских и украинских землях так могли назвать крестьянина, освобождённого от податей по бедности, или монаха-схимника, давшего обет нестяжания. Есть и вторая версия: фамилия могла возникнуть от названия профессии — «нищий» как странствующий певец-лирник или калика перехожий, что на Украине было особым социальным слоем, близким к бродячим музыкантам.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит тюркское имя или прозвище. В тюркских языках есть слово «ниш» (знак, метка) или «нишан» (цель, орден), но для фамилии с украинским суффиксальным оформлением такая этимология натянута. Скорее всего, перед нами — прозвище по социальному положению, которое закрепилось за родом. Фамилия встречается в основном в Черниговской и Сумской областях, а также в переселенческих записях на Кубани.

Нищименка — не распространённая фамилия, её носители вряд ли принадлежали к дворянству или казацкой старшине. Скорее, это фамилия крестьян или мещан, получивших её в XIX веке при массовом закреплении прозвищ. Интересно, что в метрических книгах XIX века можно встретить и форму Нищименко, что подтверждает вариантность окончания, но не меняет сути: фамилия рассказывает о предке, которого окружающие запомнили по его бедности или образу жизни.