Фамилия Нисифирова — женская форма от Нисифиров, и её происхождение не столь очевидно, как может показаться на первый взгляд. Основа фамилии — мужское личное имя Нисифор, которое представляет собой народную, упрощённую форму канонического крестильного имени Никифор. В церковной традиции Никифор (греч. Nikēphoros — «несущий победу») было распространено среди духовенства и мирян, но в быту, особенно в крестьянской и купеческой среде, имя часто редуцировалось: «ки» переходило в «си» под влиянием акающих говоров, где безударное «и» звучало неотчётливо. Так Никифор превращался в Нисифора, а отчество или фамилия — в Нисифоров.

Суффикс -ов в фамилии Нисифиров (и, соответственно, окончание -а у женской формы) указывает на типичную модель образования от имени отца: «чей сын?» — Нисифоров. Такие фамилии в основной массе закрепились за крестьянами и мещанами в центральных и северных губерниях России в XVII–XIX веках. Однако есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых южнорусских и украинских говорах слово «нисифор» могло быть прозвищем для человека с особенностью речи — например, того, кто шепелявил или «сипил», но это предположение слабо подкреплено источниками. Основной вариант — от имени Нисифор, и он же объясняет, почему фамилия не слишком редкая, но и не массовая: имя Никифор было в ходу, но не входило в десятку самых популярных.

Географически фамилия Нисифиров (и Нисифирова) чаще всего встречается в областях, где исторически было сильно влияние старообрядчества, — в Заволжье, на Вятке, в Пермском крае. Старообрядцы нередко сохраняли архаичные формы имён, и Нисифор вместо Никифора — один из таких следов. Встречается фамилия и в Курской, Тамбовской губерниях, где аканье было нормой. Носителей Нисифировых среди дворянства практически не было: это фамилия людей «простого звания», ремесленников, крестьян, мелких торговцев. Примечательно, что в документах XVIII века можно встретить варианты написания — Нисифоров и даже Несифоров, что отражает живую произносительную норму того времени: безударное «и» на письме часто заменяли на «е».