Фамилия Нияматов имеет прозрачную восточную основу и характерный русский суффикс, что сразу указывает на её происхождение в среде тюркских или иранских народов, принявших православие или долгое время живших в русскоязычном окружении. В основе фамилии лежит арабское имя Ниямат (в вариантах Ниямат, Нигмат), которое в переводе означает «благо», «благодать», «милость». Это имя широко распространено у татар, башкир, узбеков, казахов и других народов, исповедующих ислам. Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ов, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Таким образом, Нияматов буквально означает «сын Ниямата» или «потомок Ниямата».

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий, образованных от тюркских и арабских имён. Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, а сама основа не претерпела изменений — в отличие, например, от фамилии Нигматуллин, где используется более сложный арабский компонент «улла» (от Аллах). Нияматов — более краткая и «обрусевшая» форма, что говорит о возможной ранней ассимиляции носителей в русской среде, возможно, среди татар-мишарей или крещёных татар (кряшенов), где такие фамилии не редкость. Встречается она и у народов Кавказа, например у кумыков или ногайцев, но с тем же значением.

Географически фамилия Нияматов чаще всего фиксируется в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также в Средней Азии, где русский суффикс -ов добавляли при советской паспортизации. В дореволюционных источниках фамилия могла писаться через «и» или «ы» (Нияматов или Ныяматов), но современное написание закрепилось с буквой «и». Споров о происхождении основы практически нет: значение «благо» однозначно и не даёт повода для альтернативных версий, связанных с прозвищами или профессиями. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми, получившими фамилию по имени отца во время массового учёта населения в XIX — начале XX века.