Фамилия Низамаев — яркий пример того, как русская модель фамилии «наросла» на восточное имя. Основа здесь — арабское или тюркское мужское имя Низам, которое в переводе означает «порядок», «устройство», «дисциплина». В мусульманском мире это имя нередко давали с пожеланием, чтобы человек был организованным и справедливым, а в некоторых регионах оно входило в состав сложных имен вроде Низам-ад-дин (порядок веры). К этой основе добавился тюркский притяжательный аффикс -ай, который в татарском и башкирском языках образует ласкательную или уменьшительную форму: Низамай — это «маленький Низам» или «Низам, наш дорогой». А уже от этой формы по русской модели фамилий на -ев (чередование й/ев) возникла фамилия Низамаев.

Географически фамилия тяготеет к регионам традиционного расселения татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. В этих местах она фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках с середины XIX века. Примечательно, что фамилия не имеет «дворянского» суффикса -ский или -ов, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение большинства носителей. Низамаевы, скорее всего, были выходцами из среды служилых татар, ясачных крестьян или тептярей — сословных групп, которые несли повинности, но сохраняли личную свободу.

Интересна и словообразовательная двойственность. Если бы фамилия возникла напрямую от имени Низам по русской модели, она звучала бы как Низамов. Но наличие промежуточной формы Низамай (с ласкательным суффиксом) говорит о том, что фамилия сложилась именно в тюркоязычной среде, где уменьшительные имена были распространены шире, чем в русской традиции. Встречаются и однокоренные варианты: Низамов, Низамутдинов (от полного арабского имени), но Низамаев стоит особняком, сохраняя след именно семейного, «домашнего» прозвища.

Споров о происхождении фамилии почти нет: версия с именем Низам и суффиксом -ай общепринята в ономастике (работы Г.Ф. Саттарова, например). Единственная альтернатива — связь с арабским словом низам в значении «закон», «регламент», но это лишь перефразирование той же именной основы. Так что предок современного Низамаева был, скорее всего, просто человеком по имени Низамай — «упорядоченный», «дисциплинированный», и это прозвище закрепилось за его потомками.