Фамилия Низамаева — женская форма, образованная от мужской Низамаев. В основе лежит арабское имя Низам, что в переводе означает «порядок», «устройство», «дисциплина». В мусульманском мире это имя распространено у тюркских и кавказских народов, и именно оттуда, скорее всего, происходит фамилия. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ: к имени Низам добавили типичный для фамилий формант, закрепив принадлежность роду человека по имени Низам.

Словообразовательно фамилия проста: основа Низам + суффикс -аев (вариант -ев после мягкого согласного). В отличие от фамилий на -ов, где основа чаще оканчивается на твердый согласный, здесь мы видим адаптацию восточного имени к русской грамматике. Сравните с однокоренными Низамов, Низамутдинов — последняя фамилия уже включает религиозный компонент (ад-дин, «вера»), тогда как Низамаев обходится без него, что может говорить о более светском или сокращенном варианте имени.

Географически фамилия встречается в регионах, где исторически сильна тюркская и мусульманская традиция: Татарстан, Башкортостан, Дагестан, а также среди азербайджанцев и народов Средней Азии. В русских документах фамилия могла закрепиться в XIX — начале XX века, когда представители этих народов получали паспорта и записывались по отцу или роду. Интересно, что ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Низама́ева, что характерно для фамилий с восточной основой, где русская морфология накладывается на иноязычный корень.

Социально предки носителя фамилии могли быть людьми разного положения — от крестьян до духовенства, поскольку имя Низам не было строго сословным. В отличие от фамилий, образованных от ремесел или прозвищ, эта фамилия указывает на имя родоначальника, что типично для патронимических моделей. Если искать параллели, то Низамаев стоит в одном ряду с фамилиями вроде Абдуллаев, Ибрагимов — все они построены по одному принципу: личное имя плюс русский суффикс.