Фамилия Нижниковская отвечает на вопрос «чей?» и напрямую указывает на родоначальника по прозвищу Нижник. Так на Руси обычно называли человека, который жил в низовье, ниже по течению реки, — в отличие от «верхних» соседей. Прозвище было распространено в разных землях: в труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянуты Нижник Васильевич Уваров (XVI век, Смоленск), а также Иван Тверитин и Никита Денисов Нижники (середина XVI века, Зубцов). Эти записи показывают, что прозвище не было закреплено за одним регионом, но чаще встречалось в верхневолжских и смоленских землях.

От прозвища Нижник сначала возникло отчество Нижников — «сын Нижника», а уже от него с помощью суффикса -ская образовалась фамилия Нижниковская. Здесь стоит обратить внимание на модель: суффикс -ская в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность роду или местности, но в данном случае он прикреплён не к географическому названию, а к личному имени предка. Такая схема встречается реже, чем привычные -ов/-ев, и нередко отражает более позднее оформление фамилии, когда отчество уже закрепилось, а затем получило «дворянскую» или книжную огласовку.

Вторая часть фамилии — «-овская» — не должна сбивать с толку: это цепочка «Нижник + ов (патронимический суффикс) + ская». То есть фамилия буквально означает «относящаяся к Нижникову», а в конечном счёте — «из рода Нижника». Потомок человека с прозвищем Нижник со временем получил фамилию Нижниковская, и она закрепилась за семьёй.

Отдельно стоит сказать о вариантах написания. Форма Нижниковская — женская, мужская будет Нижниковский. В документах встречается также написание через одно «с» — Нижниковкая, но оно ошибочно и не отражает историческую основу. Само прозвище Нижник могло относиться не только к реке: в некоторых говорах нижником называли человека невысокого роста или того, кто живёт в нижней части села, у подножия. Однако версия с рекой остаётся основной, поскольку она подтверждается и топографической логикой, и параллельными фамилиями вроде Верхников, Верховский или Заозёрский.

Фамилия Нижниковская — редкая и почти не встречается за пределами русскоязычного пространства. Она не связана с дворянскими родами, не упоминается в старинных боярских списках, но это не умаляет её ценности: она сохранила память о человеке, которого в XVI веке соседи знали как Нижника, и о том, что его потомки выбрали для себя форму, подчёркивающую принадлежность к этому корню.