Фамилия Нижниковы образована от личного прозвища Нижник, и это один из распространённых типов русских фамилий, где основой стало прозвище, а не крестильное имя. Нижником на Руси обычно называли человека, который жил в низовье, то есть ниже по течению реки относительно соседей или своего прежнего места обитания. Такое прозвище могло закрепиться за переселенцем, спустившимся вниз по реке, или за жителем низинной части села, что было важно для ориентации в тогдашнем мире, где реки служили главными дорогами.

В исторических документах прозвище встречается с XVI века. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянуты Нижник Васильевич Уваров (XVI век, Смоленск) и двое Нижников — Иван Тверитин и Никита Денисов, середина XVI века, Зубцов. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных землях и не было привязано к одному региону, хотя и встречалось преимущественно на территориях с развитой речной сетью. Потомок человека по прозвищу Нижник со временем получал фамилию Нижников, и суффикс -ов здесь указывает на принадлежность: «сын Нижника».

Интересно, что фамилия Нижников не единственная в этом ряду. От того же корня образованы фамилии Нижний, Нижнин, а также более редкие Нижниченко и Нижниковский, что говорит о широком распространении основы в разных говорах и социальных слоях. В некоторых диалектах слово «нижник» имело и другие значения — например, так могли называть нижний чин или человека невысокого роста, но версия с речным низовьем остаётся основной и наиболее логичной. О точном месте и времени возникновения конкретной ветви Нижниковых говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий растянулся на несколько столетий и зависел от местных традиций. Тем не менее, фамилия Нижниковы — это памятник славянской письменности и культуры, который хранит память о том, как предки ориентировались в пространстве и как их прозвища превращались в родовые имена.