Фамилия Нижниковский образована от именования Нижников, которое восходит к нарицательному «нижник». В данном случае, вероятнее всего, фамилия Нижниковский представляет собой отчество второго порядка, то есть Нижниковский - сын Нижникова и внук Нижника. Обычно на Руси Нижником называли человека, живущего в низовье, ниже по течению реки. Веселовского упоминаются: Нижник Васильевич Уваров, XVI век, Смоленск; Иван Тверитин и Никита Денисов Нижники, середина XVI века. Вероятна также связь именования Нижников с названием местности Нижник (Нижегородская область). Возможно, предок Нижниковских был выходцем из этого поселения. Таким образом, потомок человека, обладающего именованием Нижников, со временем получил фамилию Нижниковский.