Фамилия Нниконоров (с двойной «н») — редкий орфографический вариант фамилии Никоноров. Двойное написание «н» в начале — это не опечатка, а историческая особенность: в дореволюционных документах и церковных записях имя Никанор (через «а») и его производные могли записывать с двумя «н» под влиянием книжного произношения или греческого написания. Иногда двойную «н» ставили для отличия от других фамилий на «-ов» в одной местности. Но главная основа здесь — каноническое мужское имя Никанор.

Имя Никанор — греческого происхождения, от «никао» (побеждать) и «анир» (мужчина), то есть «победоносный муж». В православных святцах это имя носил один из семидесяти апостолов. В русской традиции имя давали людям всех сословий, но после XVII века оно стало уходить из крестьянской среды, закрепившись в купечестве и духовенстве. Поэтому фамилия Никоноров (и Нниконоров) чаще встречалась в среде городских ремесленников, священников и приказчиков, чем в крестьянской глубинке.

Суффикс «-ов» стандартно указывает на принадлежность: Никоноров — сын Никонора. Модель образования фамилии простая и типичная для русской ономастики XVI–XVII веков. Однако двойное «н» в начале могло возникнуть не только из-за графической традиции, но и по аналогии с фамилиями вроде Аннин, Анненков, где двойная «н» подчеркивала происхождение от женского имени (Анна). В случае с Нниконоровым этого нет: имя мужское, и двойная «н» — чисто орфографическое явление.

С точки зрения географии, фамилия Никоноров (включая редкую форму с двумя «н») встречается в центральных губерниях России — Московской, Владимирской, Тверской, а также в Поволжье. Встречаемость варианта Нниконоров крайне мала: по переписям XX века он фиксируется единичными случаями. Это может быть следствием ошибки писаря, которая закрепилась в паспорте, или осознанного выбора предка, желавшего подчеркнуть «книжное» происхождение фамилии.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Никаноров, Никоноров, Никонорский) показывает, что Нниконоров — самая редкая ветвь. Если Никаноров чаще встречается у потомков духовенства (семинарские фамилии), то Никоноров — у городских сословий. А Нниконоров, скорее всего, результат канцелярской или диалектной фиксации, не изменившей сути фамилии.