Фамилия Ночуйкина — это женская форма фамилии Ночуйкин, и её разговорное, почти шутливое звучание не должно вводить в заблуждение: перед нами пример русской фамилии, образованной от прозвища по действию или поведению. Основа здесь — глагол «ночевать». В старину человека, который часто оставался на ночлег в чужих домах, любил засиживаться в гостях допоздна или, напротив, сторожил что-то по ночам, могли прозвать Ночуйка — от формы «ночуй» (повелительное наклонение, как в прозвищах-оберегах или бытовых кличках). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ночуйкина, то есть дочь или жена человека по прозвищу Ночуйка.

Модель образования, когда фамилия строится от глагольной основы в повелительном наклонении, встречается у русских нередко: вспомните фамилии Трубач (от «труби»), Гуляй, Грызлов. Однако Ночуйкин стоит особняком: здесь нет оттенка приказа или совета, скорее — фиксация привычки или образа жизни. Возможно, предок был ночным сторожем, пастухом, который пас скот в тёмное время, или просто человеком, который «ночевал не дома» — например, бродячим ремесленником, не имевшим постоянного крова.

Географически фамилия редкая и в основном встречается в центральных и поволжских областях России, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с дворянскими родами. В официальных документах XVIII–XIX веков Ночуйкины — это крестьяне и мещане, то есть фамилия не аристократическая, а народная, бытовая. В написании стоит обратить внимание на безударную «о» в корне: в говорах её могли произносить как «а» (Начуйкин), но на письме закрепился вариант с «о» — ближе к исходному глаголу «ночевать».

Спорных версий происхождения здесь почти нет: маловероятно, что корень связан с тюркскими или финскими заимствованиями, так как глагол «ночевать» — общеславянский и прозрачный. Таким образом, Ночуйкина — это фамилия-характеристика, которая через суффикс и основу рассказывает о конкретной черте или занятии предка, пусть и не самом почётном, но запоминающемся.