Фамилия Нодин — редкий случай, когда исходное имя почти полностью стёрлось за суффиксом. Скорее всего, перед нами «патроним на -ин»: так называли сына, внука или человека, принадлежавшего человеку по имени Нодя. А Нодя — это одна из кратких, обиходных форм крестильного имени Арнольд (в русской традиции встречалось у обрусевших немцев или в дворянской среде) либо более редкого имени Нод (от греческого «нодос» — узел, но это спорно). В народном быту имя Нодя могло закрепиться как ласкательное прозвище для кого-то коренастого, плотного, «узловатого».

География фамилии узкая. Нодины встречаются в основном на севере и северо-западе России — в Архангельской, Вологодской областях, в Карелии. Там же бытует фамилия Нодь (с мягким знаком на конце, как венгерская, но не по происхождению). Возможно, это местный диалектный вариант прозвища от слова «нодья» — так в Поморье называют костёр из двух брёвен, долгий и жаркий. Тогда Нодин — потомок человека, который либо разводил такие костры, либо получил прозвище по сходству с устойчивым, «горячим» характером.

Словообразовательная модель простая: основа Нод- + суффикс -ин, который в русских фамилиях указывал на принадлежность («чей сын?»). Ударение обычно падает на первый слог: Нóдин. Вариант с ударением на последний слог встречается, но реже — это могла быть вторичная адаптация фамилии на юге России, куда Нодины переселялись уже в XIX веке.

В дореволюционных справочниках фамилия не частотна. В списках мещан и крестьян северных губерний Нодины записаны как государственные крестьяне — не дворяне, не купцы. Значит, предки — скорее всего, свободные землепашцы или ремесленники Русского Севера, где фамилии часто складывались из уличных прозвищ и не успели обрасти легендами.