Фамилия Ноготкова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось в живой речи, хотя и изменило смысл. Сегодня «ноготок» — это скорее ласковое название ногтя, а в старину так могли прозвать человека маленького роста. Прямая параллель — сказочный Мужичок-с-ноготок, который был мал, да удал. По этой версии, фамилию Ноготковых дали предку невысокого роста, и такое прозвище не считалось обидным — скорее, подчёркивало особенность внешности.

Но есть и вторая версия, не менее правдоподобная. В древнерусской традиции имена, образованные от названий частей тела, не были редкостью. Ноготок мог быть нецерковным личным именем, которое давали ребёнку как оберег или просто по народному обычаю. В этом случае фамилия Ноготкова напрямую восходит к такому имени, без промежуточного прозвища.

Сама модель образования — через суффикс -ов- и окончание -а — указывает на притяжательную форму: Ноготкова значит «дочь или жена Ноготка». Фамилия относится к древнему пласту русских родовых имён, и корни её уходят в средневековье. В труде историка С. Веселовского упоминаются князья с этим прозвищем: Василий Андреевич Оболенский, известный как Ноготок (1495–1536), и Дмитрий Константинович Ноготь Суздальский (1350–1375). Правда, княжеские прозвища и фамилия Ноготкова — не обязательно одно и то же: у знати прозвища часто были индивидуальными, но сам факт их существования подтверждает древность и распространённость такого именования.

Архивные записи показывают, что фамилия Ноготковы бытовала в разных концах России, причём в основном среди крестьян и ремесленников. В Книге памяти Тамбовской области записан Ноготков Егор Ефимович, родившийся в 1876 году в селе Козьмодемьяновка Тамбовского района. В Книге памяти Самарской области отмечен Ноготков Михаил Петрович, 1904 года рождения, из села Жигули. А в Книге памяти Иркутской области упомянут кустарь-кузнец Ноготков Никита Данилович, родившийся в 1870 году в Тамбове. Эти разрозненные записи — не просто перечень имён, а свидетельство того, что фамилия не была привязана к одному региону и встречалась и в черноземной полосе, и в Поволжье, и за Уралом.