Фамилия Новаченко принадлежит к распространённому типу украинских семейных именований, образованных при помощи патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, буквально означающий «сын» или «потомок», изначально закрепился в Поднепровье, а затем распространился по всей Левобережной Украине, став одним из самых узнаваемых маркеров украинской ономастики. Таким образом, Новаченко — это буквально «сын Новы», а сама фамилия ведет свое начало от прозвища Нова.

С прозвищем Нова не всё однозначно, и здесь открывается простор для исследователя. Наиболее любопытная версия связывает его с диалектным словом «нова», которым в астраханских говорах называли базар или рынок. Если принять эту гипотезу, то прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть торговцем, человеком, чья жизнь была тесно связана с торгом. В этом случае Новаченко — потомок человека, которого знали и звали по месту его работы, по той стихии, в которой он вращался.

Однако более очевидная и, пожалуй, более правдоподобная трактовка лежит на поверхности: в основе прозвища лежит прилагательное «новый». Не случайно в древних переписных книгах записи некоторых людей по прозвищу Нова снабжены пометой «прихожий», то есть недавно прибывший, новый поселенец. Прозвище Нова в таком случае получал человек, который только что обосновался на новом месте, был «новичком» в общине. Такая версия объясняет, почему прозвище было так распространено: в подвижном, постоянно колонизующемся обществе пришлых людей было много, и их отличительной чертой была именно «новизна».

Кроме того, прозвище Нова мог получить молодой воин, новобранец, только вступивший в службу. В казачьей среде, где возраст и опыт ценились высоко, такого «новика» легко могли выделить соответствующим прозвищем. Позже прозвище Нова, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, а его сыновья уже стали писаться Новаченко, закрепив память о предке в родовом имени навсегда.