Фамилия Новгорода — одна из тех, что застыла в родительном падеже. Если подавляющее большинство русских фамилий отвечает на вопрос «чей?» (Иванов, Петров), то здесь мы видим форму «кого? чего?». Это указывает на происхождение от названия места: человек из Новгорода, то есть новгородец. Такая модель встречается реже, но она устойчива: Москва — Москвина, Рязань — Рязанова, Вологда — Вологдина. Фамилия Новгорода, по сути, говорит сама за себя: предок был выходцем из Великого Новгорода или его окрестностей.

Суффикс -а в конце — это окончание родительного падежа, а не типичный фамильный суффикс. В русской ономастике подобные фамилии называют «топонимическими» и часто относят к числу более поздних по происхождению, чем отчества на -ов/-ев. Они могли возникнуть, когда человек переезжал в другую местность и его прозывали по прежнему месту жительства: «Иван, сын Новгорода» постепенно превратилось в фамилию для всей семьи.

Стоит отличать эту фамилию от патронимической Новгородов (с суффиксом -ов), которая образована от прозвища Новгород — так могли назвать человека, побывавшего в городе или торговавшего с ним. Фамилия Новгорода — более прямая и редкая. Встречается она в основном на севере и северо-западе России, но также фиксируется в Сибири, куда новгородцы переселялись в XVI–XVII веках.

В словарях фамилий, например у Б. Унбегауна, подобные формы разбираются как «фамилии от названий городов в родительном падеже». Споров по корню нет: основа прозрачна. Единственная неоднозначность — могла ли фамилия возникнуть не от города, а от личного имени Новгород? Такое имя в древности существовало (по аналогии с именами от названий племён), но маловероятно: имя Новгород нигде не фиксируется как распространённое, а вот прозвище по месту жительства — типичный случай.