Фамилия Новоджен звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами пример фамилии, образованной от прозвища или имени, которое принесли в Россию переселенцы из других регионов.

Самый вероятный корень фамилии — тюркский. Основа «джен» (или «джан») в тюркских языках означает «душа», «жизнь», «любимый». Это распространенный компонент в именах и прозвищах (например, Ахмеджан, Джахан). Первая часть «ново» может быть как русским словом «новый», так и искаженным тюркским элементом. Вероятно, фамилию получил человек, которого в окружении называли «Новым Джаном» — то есть либо новоприбывшим человеком с таким именем, либо сыном, родившимся в новой семье, либо просто прозвали так за необычный характер, сравнивая с «новой душой».

Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная — это искусственное образование. В конце XIX — начале XX века некоторые народы окраин Российской империи, принимая православие, получали фамилии, составленные из смешанных элементов. «Новоджен» могло возникнуть как калька или полуперевод исходной фамилии на русский лад, чтобы звучала понятнее для чиновников.

Географически фамилия редкая. Её можно встретить на Северном Кавказе, в Закавказье или в среде тюркоязычных народов Поволжья. Носители фамилии Новоджен — это, скорее всего, потомки людей, чьи предки носили личное имя или прозвище с компонентом «джан», а приставка «ново» закрепилась уже в документах как указание на обновление статуса или места жительства.