Фамилия Новотоцкий — пример того, как географическая привязка и суффикс вместе рассказывают историю происхождения. В основе лежит топоним Новоток или Новотоков, который мог обозначать «новый поток» или «новый ручей» (от слов «новый» и «ток» — течение, поток). Такие названия давали новым поселениям у воды, либо селениям, возникшим на месте старого русла реки. Фамилия образована по польско-украинской модели с суффиксом -цкий, который указывает на связь с местом: «из Новотока» или «новотокский».

В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, суффикс -цкий чаще встречается у шляхты или духовенства в Речи Посполитой, а также у украинских казаков. Носители фамилии Новотоцкий, вероятно, происходят с территорий современной Западной Украины, Беларуси или восточных земель Польши — именно там топонимы с корнем «ток» и суффиксом -оток были распространены.

Есть и менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть как прозвище для человека, который пришёл на новое место жительства или основал новый хутор у ручья. В таком случае Новотоцкий — это не просто «житель Новотока», а «тот, кто обустроился на новом потоке» (новом ручье).

Сравните с однокоренными фамилиями: Токарский (от ремесла), Токов (от тока — гумна), Затоцкий (за током). Новотоцкий стоит особняком, подчёркивая именно новизну места, а не профессию или признак. Написание с «о» после «т» (Новотоцкий) закрепилось в русской орфографии, тогда как в польском варианте могло бы быть Nowotocki — с тем же значением.

В дореволюционных метриках фамилия встречается редко, преимущественно среди мещан и крестьян Волынской и Подольской губерний. В советское время носители расселились шире, но концентрация остаётся на западе Украины и в приграничных областях России.