Фамилия Ножненко — яркий пример восточно-украинской модели образования, где суффикс -енко (изначально уменьшительно-ласкательный, затем патронимический) указывает на «сына» или «потомка». В данном случае — «сын Ножного» или «потомок того, кого прозвали Ножной».

Корень «нож-» здесь, скорее всего, не от слова «нож» (хотя такая версия и напрашивается), а от прозвища, связанного с ногой. В русских и украинских говорах «ножной» могло означать человека с больными ногами, хромого, либо того, кто носил что-то на ногах (например, обувь особого покроя), или же обладателя длинных или кривых ног. Прозвища по физическим особенностям — один из древнейших и самых распространённых пластов, поэтому версия с «ногой» выглядит убедительнее, чем с режущим инструментом.

Если же отталкиваться от «ножа», то прозвище Ножной могли дать оружейнику, ножовщику или человеку, который постоянно носил с собой нож (например, разбойнику или пастуху). Однако для ремесленников чаще использовались суффиксы -ник (ножник) или -арь (ножарь), а Ножной — скорее качественная характеристика.

Географически фамилия Ножненко преимущественно встречается на Левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина), где суффикс -енко исторически доминировал. В XIX веке её могли носить казацкие или крестьянские роды, не имевшие дворянского статуса — типичная «народная» фамилия, возникшая из уличного прозвища.

Интересная деталь: фамилия Ножненко — редкая и не попала в массовые справочники. Её однокоренные «собратья» — Ноженко, Ножкин, Ножевой — встречаются чаще, но Ножненко сохраняет более архаичную форму, где суффикс -н- в основе мог быть остатком прилагательного (Ножной → Ножненко). Такая словообразовательная цепочка — отличительная черта, выделяющая фамилию среди похожих.