Фамилия Нукаева — женская форма, а мужская — Нукаев. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу и суффикс. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от отчества или прозвища, оканчивающегося на согласный или -й. Основа здесь — Нукай.

Самая вероятная версия: Нукай — это тюркское личное имя. В башкирском, татарском, казахском и других тюркских языках имя Нукай (Нугай) восходит к арабскому «нух» — Ной (библейский пророк). У мусульманских народов имя Нух (Ной) популярно, а его разговорные формы вроде Нукай, Нугай — обычное дело. Фамилия Нукаев/Нукаева могла образоваться от такого имени: «сын Нукая» или «внук Нукая». География фамилии это подтверждает: Нукаевы чаще встречаются среди башкир, татар и народов Северного Кавказа (чеченцев, ингушей), где тюркские и арабо-мусульманские имена традиционно сильны.

Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с тюркским словом «нука» (нога) или диалектным «нукай» — «кривоногий», «косолапый». В этом случае прозвище Нукай давали человеку с характерной походкой или формой ног. Такие прозвища по внешности — частый источник фамилий, но для тюркской среды имя Нукай всё же первичнее.

Фамилия Нукаева — не русская по корню, а пришлая, адаптированная русским суффиксом. Её носители — потомки людей, которых в документах записывали по отцу или деду Нукаю. Встречается фамилия в Башкортостане, Татарстане, Чечне и Ингушетии, а также среди диаспор в других регионах России.