Фамилия Нусхинов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или имени, в основе которого лежит слово «нусха» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли нюх, чутьё или обоняние. Соответственно, Нусха — прозвище человека с тонким нюхом, проницательного, умеющего «пронюхать» выгоду или опасность. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Нусхинов — «сын Нусхи» или «из семьи Нусхи».

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. На Кавказе, особенно в среде горских евреев, встречается фамилия Нусхинов, образованная от мужского имени Нусха (уменьшительное от Нафтали или Ноах). В этом случае фамилия не прозвищная, а патронимическая — по имени отца. Носители такой фамилии могли принадлежать к общине горских евреев, где суффикс -ов/-ев часто присоединялся к восточным именам.

Географически фамилия Нусхинов встречается точечно: в документах XIX — начала XX века она фиксируется в Таганроге, Ростове-на-Дону и в некоторых селениях Дагестана. Это подтверждает обе версии: на Дону и в Приазовье могли жить носители прозвища Нусха, а на Кавказе — потомки человека по имени Нусха.

Словообразовательно интересно, что фамилия сохранила ударение на первом слоге (Ну́схинов), что нетипично для русских фамилий на -ин, где ударение чаще падает на суффикс. Это может указывать на иноязычную основу или на то, что прозвище Нусха было заимствовано из тюркских языков (например, «нысха» — «нюх» в некоторых тюркских диалектах). Таким образом, корни фамилии — либо в русской диалектной лексике, либо в именах горских евреев, и точный ответ зависит от того, в какой местности жили предки конкретного носителя.