Фамилия Няненков — редкий случай, когда основа прозвища неочевидна и вызывает у исследователей два основных предположения. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность (чей? — Няненков), а корень «нян-» с суффиксом -енк- образует прозвище Няненко. Такая форма типична для украинской и южнорусской антропонимии: Няненко — «сын или потомок Няни», затем русифицировалось в Няненкова.

Первая и самая вероятная версия отталкивается от глагола «нянчить» и существительного «няня». Прозвище Няня или Няненко могли дать мужчине, который занимался воспитанием детей — не обязательно профессионально, но, например, заботливому отцу, вдовцу, оставшемуся с детьми, или человеку с мягким, терпеливым характером. В крестьянской среде, где работа делилась строго по полу, такое прозвище выделяло носителя и запоминалось.

Вторая версия, менее очевидная, но не лишённая оснований, связывает фамилию с диалектными словами. В некоторых говорах «няня» означало не только няньку, но и старшую сестру или вообще женщину, ухаживающую за младшими. Однако есть и совсем редкое значение — «няня» как ласковое обращение к матери или бабушке. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком, которого так называли в семье, или за тем, кто жил при матери, не отделяясь.

Анализ суффикса -енк- подсказывает географию: фамилия Няненков, скорее всего, возникла на территории современной Украины или в южных регионах России (Курская, Воронежская, Ростовская области), откуда носители переселялись дальше. В документах фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. Сравнение с однокоренными фамилиями — Нянин, Нянкин, Няненко — показывает, что Няненков сохранил украинский суффикс, но обрёл русское окончание, что типично для фамилий выходцев с Украины, осевших в русской среде.

Таким образом, предки Няненковых — это, вероятно, люди из южнорусского или украинского крестьянства, получившие прозвище по занятию или черте характера, связанной с заботой о детях.