Фамилия Нысан — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. Её происхождение почти наверняка не славянское, а тюркское или казахское. В русской ономастике фамилий на -ан, -ян, -сан много, но Нысан стоит особняком из-за корня, который не имеет прямых параллелей в восточнославянских говорах.

Самый прямой путь — от казахского слова «нысан» (нысан, нышана), что означает «знак», «метка», «ориентир» или «цель». В переносном смысле — «примета» или «символ». В тюркских языках это слово восходит к арабскому «нишан» (знак, орден). Таким образом, фамилия могла образоваться от прозвища: человека, который был заметным, приметным, либо того, кто служил ориентиром (например, проводник, дозорный). В казахской традиции прозвища часто становились родовыми именами, а затем фамилиями при советской паспортизации.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с именем Нысан, которое встречается у народов Средней Азии. Имя могло быть дано в честь месяца нисан (первый месяц весны по древнееврейскому календарю, через арабское влияние). Но для казахской среды это скорее исключение, чем правило. В любом случае, фамилия образована без русского суффикса — она осталась в исходной форме, что характерно для фамилий, оформленных в XX веке в республиках СССР.

Географически фамилия Нысан встречается преимущественно в Казахстане, реже — среди татар и башкир. В России она единична, в основном у потомков переселенцев из Средней Азии. Никаких данных о дворянском или крестьянском сословии в русском смысле нет — это фамилия, возникшая в кочевой или полуоседлой среде, где родовые имена не имели жёсткой социальной стратификации.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Нышанов, Нишанов, Нысанбаев — Нысан стоит особняком как самая краткая форма, без патронимического суффикса. Это указывает на то, что предок носителя, скорее всего, был известен под одним прозвищем, которое и закрепилось как фамилия.