Фамилия Нысанов отвечает на вопрос «чей ты будешь?» и означает «сын (или потомок) Нысана». В основе лежит личное имя Нысан, которое восходит к древнетюркскому слову «nisan» — «знак, отметина, печать». Скорее всего, так назвали ребенка, на теле которого была заметная родинка или иная особая отметина: имя давали не случайно, а по внешней примете, которая бросалась в глаза и оставалась с человеком на всю жизнь. Потомки того, кого прозвали Нысаном, и стали Нысановыми.

Имя Нысан встречалось в среде казахов и других тюркских народов, поэтому фамилия Нысанов бытует прежде всего в Казахстане и в регионах со смешанным тюркским населением. В источниках упоминаются Алимбатыр Нысанов, родившийся в 1902 году в Борохудзире Октябрьского района Алма-Атинской области, и Ахмет Нысанов, родившийся в 1873 году в селе Тельман Меркенского района Южно-Казахстанской области. Эти примеры показывают, что фамилия уже в XIX веке была обычной для крестьянской и скотоводческой среды, а сами Нысановы жили в аулах, занимались земледелием и скотоводством.

Слово «нисан» в тюркских языках многозначно. Помимо «знака» и «печати», оно могло обозначать цель, мишень, а также особый знак отличия, который ставили на документы или скот. В этом смысле имя Нысан могло получить и дитя, родившееся с какой-то приметой, и мальчик, которого родители хотели выделить, словно поставив на нем свой знак. Однако версия с родинкой или шрамом выглядит правдоподобнее: в народной традиции такие имена-метки давали не для красоты, а как оберег или просто по обычаю называть по самой заметной черте.

Морфологически фамилия сложена по классической русской модели: к основе Нысан прибавлен суффикс -ов, который указывает на принадлежность роду. Такой тип фамилий массово складывался у тюркских народов в XIX — начале XX века, когда русская администрация переписывала население и русифицировала имена и прозвища. Поэтому Нысанов — это не случайное сочетание звуков, а живое свидетельство того, как тюркское личное имя влилось в русскую фамильную систему.

Родственных фамилий с той же основой немного, но они есть: Нысанбаев, Нысанбеков, Нысангалиев. Все они построены от того же имени Нысан, но с добавлением других тюркских компонентов. Если Нысановы — потомки просто Нысана, то Нысанбаевы — потомки Нысанбая, где «бай» означает «богач, хозяин». Сравнение с этими фамилиями подтверждает, что имя Нысан было самостоятельным и употребительным, а не случайным прозвищем одной семьи.