Фамилия Нюньковы образована от личного прозвища Нюнек и относится к древнему пласту русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ов». Суффикс указывает на принадлежность: Нюньков — это «сын Нюнька», «из рода Нюнька». Такая словообразовательная модель была самой распространённой в центральной России и на севере, поэтому точную географию возникновения фамилии определить сложно — процесс шёл параллельно в разных регионах.

Корень прозвища связан с глаголом «нюнить», то есть «плакать», «хныкать». В словаре Владимира Даля находим и родственное слово «нюня» — «вялый», «плакса». Логично предположить, что Нюньком в быту могли называть капризного, плаксивого ребёнка. Однако у этого прозвища есть и другая, более глубокая трактовка. В народной традиции существовал обычай давать детям «охранительные» имена — нарочито некрасивые, ничего не значащие или даже обидные. Считалось, что злые духи не позарятся на такого ребёнка, а значит, он вырастет здоровым и красивым. Называя сына Нюньком, родители могли выполнять именно этот обережный ритуал.

Существует и третья версия, уводящая нас на юго-запад славянских земель. Украинский глагол «нюнькаться» означает «присматривать за кем-то», «угодничать», «уделять много внимания». Если принять эту этимологию, то прозвище Нюнек могло характеризовать взрослого человека — обходительного, внимательного, заботливого. В таком случае основатель рода Нюньковых предстаёт не плаксивым малышом, а вполне почтенным и услужливым человеком.

Какая из версий правдоподобнее? Первая, связанная с плачем, выглядит наиболее естественной: глагол «нюнить» широко бытовал в северных и сибирских говорах, а прозвища по поведению и характеру давали чаще, чем по редким диалектным глаголам. Версия об обереге не противоречит первой — прозвище могло закрепиться за взрослым, но изначально относиться к ребёнку. Украинская версия более экзотична и требует допущения о миграции предков, поэтому её стоит рассматривать как дополнительную, но не основную.

Сама фамилия Нюньков — довольно редкая. Она не встречается в боярских родословных и не связана с известными дворянскими родами, что типично для фамилий крестьянского и посадского происхождения. В архивных документах подобные прозвищные фамилии фиксировались с XVI–XVII веков, когда крестьяне и горожане начали массово получать наследственные именования. Нюньковы, скорее всего, происходят из среды свободных крестьян или ремесленников, где прозвища передавались от отца к сыну и лишь спустя поколения закрепились как фамилия.