Фамилия Нюняйкин образована от прозвища Нюняйка. Основа здесь — слово «нюня», которое в народной речи означало «размазня, мямля», то есть человек нерешительный, плаксивый или слишком чувствительный. Суффикс -айк- в прозвище смягчал значение, придавал ему оттенок скорее бытовой и даже ласковый, поэтому Нюняйкой чаще всего называли капризного, плаксивого малыша, который хныкал по любому поводу.

Прозвище Нюняйка закреплялось за человеком как наиболее употребительное именование, вытесняя крестильное имя. Сын такого человека или его дальний потомок получал отчество-притяжательное «Нюняйкин сын», которое со временем сократилось до фамилии Нюняйкин. Модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?», и присоединяется к основам на -а/-я.

Интересно, что фамилия сохранила редкий прозвищный суффикс -айк-, который в фамилиях встречается нечасто. Обычно такие образования оставались в пределах деревенских кличек, но здесь прозвище переросло в родовое имя. В говорах слово «нюня» имело и более широкий спектр значений: от «плаксы» до «вялого, медлительного человека», поэтому нельзя исключать, что прозвище отражало не только детскую привычку хныкать, но и взрослую черту характера — медлительность или бесхарактерность.

По типу образования фамилия Нюняйкин стоит в одном ряду с такими, как Сопляйкин, Вякайкин или Хныкайкин, где в основе лежат звукоподражательные или экспрессивные глаголы. Правдоподобнее всего версия, связывающая прозвище с детским плачем: в крестьянской среде такие имена-обереги давали намеренно, чтобы уберечь ребёнка от сглаза, — считалось, что «плохое» имя отведёт беду. Так что за неблагозвучной основой может скрываться родительская забота, а не насмешка.

Сведений о географическом распространении фамилии мало, но суффикс -айк- и мягкая основа указывают на севернорусские или поволжские говоры, где подобные прозвищные формы были особенно живучи. В документах фамилия могла писаться через «е» — Неняйкин, что связано с аканьем и небрежностью писарей, но исходная форма, скорее всего, именно с «ю».

Отдельных известных носителей фамилии в истории не зафиксировано, что неудивительно: фамилия редкая, и её носители, вероятно, оставались в пределах крестьянского сословия, не попадая в дворянские родословные или купеческие реестры. Тем не менее, фамилия Нюняйкин — живой пример того, как меткое бытовое прозвище, данное когда-то плаксивому ребёнку, закрепилось за целым родом и дошло до наших дней.