Фамилия Нюняйкин образована от прозвища Нюняйка, этимологически связанного со словом «нюня» в значении «размазня, мямля». Вполне возможно, что Нюняйкой называли капризного, плаксивого малыша. Так и прозвище Нюняйка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Нюняйкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Нюняйка, со временем получил фамилию Нюняйкин.