Фамилия Оботнин происходит от прозвища Оботня. Чаще всего его связывают с диалектным глаголом «оботуриться», то есть «упрямиться». Скорее всего, так в народе называли человека настойчивого, даже упрямого, который стоял на своём, не поддаваясь уговорам. Такой характер и закрепился за ним в прозвище, а затем перешёл в фамилию его потомков.

Менее вероятная версия выводит основу из украинского слова «обоча» — «обочина». Тогда прозвище могло указывать на место жительства: Оботней называли человека, чей дом стоял на краю села, на отшибе. Однако эта гипотеза выглядит слабее: она требует дополнительных допущений о заимствовании и не объясняет, почему прозвище закрепилось именно в такой форме.

Само слово «Оботня» звучит как типичное прозвище, образованное по модели, распространённой в северорусских и сибирских говорах. Формант -ин в фамилии указывает на принадлежность: Оботнин — это «сын Оботни», «из рода Оботни». Такая модель типична для фамилий, возникших из прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Любопытно и чередование т/ч в корне: в одном случае мы видим «оботуриться», в другом — «обоча». Оно объясняется историческими фонетическими процессами в русском языке, когда заднеязычные и переднеязычные согласные могли переходить друг в друга в разных диалектных условиях. Поэтому обе формы — «Оботня» и «Обоча» — могли сосуществовать, но в фамилии закрепился один вариант.

Фамилия редкая, и это неудивительно: прозвища, лёгшие в её основу, бытовали локально и не всегда переживали столетия. Сейчас Оботниных можно встретить в разных регионах России, но точных данных о географическом ядре фамилии нет. Скорее всего, она возникла в крестьянской среде, где прозвища часто заменяли фамилии до их массового закрепления в XIX веке.