Фамилия Обонин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с внешностью или характером, а с местом жительства. В её основе лежит слово «обоняние» или, точнее, его диалектный вариант. В северных и центральных говорах «обоня» или «обонь» иногда называли человека с тонким чутьём, но чаще так говорили о том, кто жил «обонь пола» — то есть по другую сторону поля, за болотом или за рекой. Таким образом, Обониным могли прозвать пришлого человека, поселившегося «на отшибе», за границей обжитой территории.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Обонин, то есть сын или потомок Обони. По модели образования это типичная «посессивная» фамилия, как Иванов или Петров, но с редкой, некалендарной основой. В отличие от фамилий на -ов, которые в древности чаще образовывались от названий профессий или черт характера, -ин тяготел к прозвищам, оканчивающимся на -а/-я. Обонин звучит так, будто предка звали просто Обоня.

Географически фамилия привязана к Русскому Северу, Вятке и Уралу. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с похожими прозвищами в Пермском крае и на Вологодчине. Это был простой люд — землепашцы, охотники или рыбаки, чьё прозвище закрепилось за родом без вмешательства церкви или дворянства.

Есть и вторая версия, менее вероятная. В некоторых говорах «обоня» означало «обманщик», «хитрец» (от глагола «обонять» в смысле «обманывать, морочить»). Но она не находит подтверждения в словарях диалектов: основное значение остаётся за пространственным или обонятельным признаком. Если бы фамилия происходила от обмана, она бы сохранила негативный оттенок, тогда как Обонины исторически — обычные крестьянские роды, без следов бранного прозвища.

Любопытно, что фамилия сохранила древнюю форму: ударение в ней почти всегда падает на второй слог (ОбОнин), что характерно для слов с суффиксом -ин от основ на -я. Встречается и вариант с ударением на первый слог, но он вторичен и возник под влиянием письменной речи. Сегодня Обонины живут в основном в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии — там же, где четыреста лет назад их предки могли стоять «обонь» от села.