Фамилия Обуйкина — женская форма фамилии Обуйкин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который образован по типичной восточнославянской модели: к основе прибавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Обуйки). Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Обуйка.

Самая вероятная версия связывает Обуйку с глаголом «обуть». В старину обуйкой могли прозвать сапожника, башмачника или просто человека, который хорошо, споро обувает — например, конюха или слугу, подающего обувь. В говорах слово «обуйка» имело и конкретное значение: так кое-где называли короткую, лёгкую обувь, вроде туфель или опорок. Тогда прозвище могло закрепиться за тем, кто носил такую обувь или её шил.

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия выводит основу от глагола «обуять» (обуять — охватить, овладеть, сбить с толку). В этом случае Обуйка — прозвище человека с крутым нравом, «бесноватого» или, напротив, того, кто умел очаровывать, «обуивать» собеседников. Однако связь с обувью кажется более прямой и бытовой, а такие прозвища давали чаще.

Фамилия редкая и географически привязана к северным и центральным областям России. Встречается в Вологодской, Костромской и Кировской областях, а также в Поволжье. Встречается и вариант написания с одной «к» — Обуйкина, но в документах чаще фиксируется именно двойная «к» (Обуйкин), что характерно для уменьшительных форм на -ка. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и посадские люди, никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.