Фамилия Обайкина — женская форма фамилии Обайкин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для русского севера и восточных регионов: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Обайк-.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным прозвищем или именем Обайка. В русских говорах, особенно вятских и пермских, «обаять» означало «околдовать, очаровать, обольстить». Соответственно, Обайкой могли назвать человека красноречивого, льстивого или того, кому приписывали способность «заговаривать», влиять на людей словом. Это прозвище могло закрепиться за первым носителем как характеристика его манеры общения или ремесла — например, скомороха или знахаря.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями, где «оба» означает «род, племя» или «холм, курган». В таком случае Обайкин могло быть русифицированной формой тюркского имени или прозвища, которое давали человеку из определённого рода. Однако фонетика и типично славянский уменьшительный суффикс -к- (Обай-к-а) склоняют чашу весов в пользу первой, славянской версии.

Географически фамилия Обайкина встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Кировской, Нижегородской областях, в Удмуртии и Пермском крае. Это зона активного распространения вятских говоров, где слово «обаять» было в ходу. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или посадским людям — фамилии на -ин в этих краях часто фиксировали прозвища глав семейств в писцовых книгах XVII–XVIII веков.

Интересная деталь: фамилия сохранила архаичное ударение на второй слог — Оба́йкина, хотя в современном языке многие склонны ставить ударение на первый (О́байкина). Это ставит её в один ряд с такими фамилиями, как Опа́рин или Оха́пкин, где ударение падает на корень, а не на суффикс.