Фамилия Охоня — одна из тех редких русских фамилий, которые выдают в носителе потомка человека с необычным прозвищем. В её основе лежит слово «охоня», которое в старых говорах имело два основных значения. Первое — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Офоня (разговорный вариант канонического Афанасий). Второе, и более вероятное, — насмешливое прозвище для медлительного, вялого человека, «охоню» (от глагола «охать», «охнуть» — вздыхать, жаловаться, быть в раздрае). Так могли назвать кого-то, кто постоянно вздыхал, ныл или просто был флегматиком.

Словообразовательная модель фамилии проста: прозвище Охоня без каких-либо суффиксов перешло в фамилию целиком. Обычно такие фамилии (на -я) характерны для украинской и белорусской традиции, но в русском языке они тоже встречаются, особенно на юге и западе России, в зоне контакта с украинскими говорами. Сравните: Гуля, Несмеяна, Молчун. Фамилия не склоняется по падежам, как и все фамилии на -я с ударением на последний слог.

В отличие от большинства русских фамилий, образованных через суффиксы -ов/-ев или -ин, Охоня сохранила исходную форму прозвища. Это указывает на то, что предок, скорее всего, был из крестьянской или мещанской среды, где такие «живые» прозвища бытовали вплоть до XIX века. В дворянских родах подобные фамилии почти не встречаются — там предпочитали «облагораживать» основу суффиксами.

Если обратиться к ономастическим словарям, то фамилия Охоня не фиксируется в массовых списках, как Иванов или Смирнов. Она — редкая, локальная. Встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Беларуси. Искать её корни стоит в тех местах, где имя Афанасий (Офоня) было особенно популярно, или где сохранился говор с экспрессивным словом «охоня» в значении «рохля» или «тихоня». Спор о том, от имени или от прозвища она произошла, разрешается просто: имя Офоня давало бы фамилию Офонин или Охонин, а Охоня — это уже прямое прозвище, которое закрепилось в документах как фамилия. Версия с прозвищем выглядит убедительнее.