Фамилия Онгина — редкая и неочевидная для русского слуха, хотя по форме — типично русская, с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Онгин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Онга. Женская форма Онгина образована от мужской Онгин, так что искать корень нужно в мужском варианте.

Самая правдоподобная версия ведет к топониму или этнониму. Основа «Онг-» встречается в названиях рек и местностей на севере европейской части России и в Сибири. Например, река Онга в Архангельской области, а также Онга — историческое название одного из притоков Енисея. В этом случае Онгин — это человек, пришедший с Онги, «онгинский». Подобная модель (река → прозвище → фамилия) распространена в северорусских говорах: Печорин, Мезенцев, Онегин. Кстати, фамилия Онегин, ставшая знаменитой благодаря Пушкину, образована от реки Онеги. Онгин — её более редкий аналог с той же логикой.

Вторая версия, менее вероятная, отсылает к тюркскому или монгольскому слову «онг» — «правый», «правая сторона», «восток». У некоторых тюркских народов «онг» означало также «племя» или «родовое подразделение». Если предок носил прозвище Онга (например, как указание на восточное происхождение или на правую руку в бою), то фамилия Онгин могла закрепиться в среде служилых людей или казачества, где контакт с тюркскими языками был обычен.

География фамилии сегодня крайне мала. Онгины встречаются точечно — в основном в Архангельской области и в Забайкалье. Это косвенно подтверждает обе версии: северную (река Онга) и восточную (тюркское влияние через казачьи линии). Единого сословного происхождения нет — фамилия могла возникнуть независимо в разных местах у крестьян, мещан или казаков.

Главное, что отличает Онгина от более частых фамилий, — это отсутствие «модного» суффикса -ов и прозрачной основы. Это фамилия-загадка, где корень не сразу узнается, но при разборе оказывается либо географическим указателем, либо отголоском степных языков. В любом случае, носитель фамилии может с равной вероятностью вспоминать северные реки или азиатские степи.