Фамилия Онянов в большинстве случаев восходит к крестильному имени Онян — так в народе называли мальчиков, наречённых при крещении Иоаникием, Онисимом или Анисием. Первое из этих имён переводят с греческого как «непобедимый», второе — «полезный», третье — «исполнение, завершение». В быту длинные и непривычные церковные имена часто сокращали до коротких домашних форм, и Онян — одна из таких форм. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Онянов буквально значит «сын Оняна», «из семьи Оняна».

Имя Иоаникий давало особенно много производных: от него пошли фамилии Аничкин, Ионин, Ионов, Онянов и другие. Форма Онян могла закрепиться и как самостоятельное имя, и как прозвище, поэтому проследить, какое именно имя лежало в основе конкретной семьи, уже невозможно. Но в любом случае перед нами типичная русская фамилия, образованная от личного имени через притяжательный суффикс.

Существует и более экзотическая версия, связанная с тунгусо-маньчжурскими народами Дальнего Востока. В мифологии эвенков, нанайцев, негидальцев, орочей и ульчей «онян» — это душа человека, животного, а также зародыша и ребёнка до года. По поверьям, такие души спускались на землю в виде птичек, хвоинок, пушинок или гриба-дождевика, а попав в женщину, давали начало новой жизни. Если ребёнок умирал, его онян возвращалась в мир нерождённых душ и позже могла снова вселиться в мать. У животных душа хранилась в той части тела, что участвовала в добыче пищи: у оленя — в резцах, у пушных зверей — в носу, у медведя — в лапе. Если зверь умирал от старости или был убит по правилам, его душа возвращалась на небо и запускала новый цикл жизни.

Эта версия правдоподобна только для семей с дальневосточными корнями, но для основной массы носителей фамилии она вторична. Русское население осваивало Сибирь и Дальний Восток с XVII века, и фамилия Онянов могла возникнуть там независимо, от имени Онян, а не от местного термина. Созвучие с тунгусо-маньчжурским словом, скорее всего, случайное совпадение.

Фамилия Онянов встречается в основном в Поволжье и на Урале, что тоже говорит в пользу версии о крестильном имени: эти регионы активно заселялись русскими в XVI–XVIII веках, и фамилии там формировались по той же модели «имя + -ов». Редкость фамилии объясняется тем, что форма Онян не получила широкого распространения по сравнению с более привычными Анисимов или Ионин.