Фамилия Овагян образована от армянского имени Оваг. По одной из версий, оно является вариантом имени Абаг, что в переводе означает «горная вода». Согласно другой версии, Оваг — это краткая форма имени Оваким, армянского варианта канонического мужского имени Иоаким, которое в переводе с древнееврейского означает «прославленный богом». Все эти компоненты первоначально означали «из семьи таких-то» или «из рода таких-то». Таким образом, человек, предка которого звали Оваг, со временем получил фамилию Овагян. Родственная фамилия упоминается в архивах МВД Республики Башкирия, где записан Овагьян Ованес Вагаршакович, рожденный в 1915 году.