Фамилия Пачуркин образована от прозвища или имени Пачурка. В русской антропонимии суффикс -к- часто указывает на уменьшительно-ласкательную или обиходную форму личного имени: Пачурка — это, скорее всего, производное от канонического имени Павел (через народные варианты Паша, Пачура, Пачур). В ономастике такое словообразование называют «полуименем» — неполной, сокращённой формой, которая в быту заменяла полное церковное имя. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Пачуркин, то есть сын или потомок Пачурки.

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «пачурка» — так в некоторых говорах называли неопрятного, небрежного человека, или, наоборот, хилого, болезненного. В этом случае фамилия восходит к прозвищу по внешности или характеру. Однако первая версия — от имени Павел — выглядит предпочтительнее, поскольку модель образования фамилий от уменьшительных форм крестильных имён была массовой и типичной для русских фамилий на -ин.

Фамилия Пачуркин — относительно редкая. Она не встречается среди дворянских родов и не фиксируется в старинных боярских списках. По происхождению это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в северных или центральных губерниях России, где суффикс -ин особенно активен. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают на юге и западе, фамилии на -ин характерны для севера и северо-востока Руси.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пачурин, Пачурский, Пачурков — показывает, что Пачуркин стоит ближе к фамилиям, образованным от личного имени, а не от географического названия. Если бы в основе лежало название населённого пункта (например, Пачуры), фамилия скорее приняла бы форму Пачурский. Таким образом, наиболее вероятно, что первый носитель фамилии был просто Пачуркой — сыном или внуком Павла, и эта форма закрепилась за его потомками.