Фамилия Паеченко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая исторически обозначала «маленького», «сына» или «потомка» человека, названного в основе. В данном случае основа — Паеч-, что сразу отсылает к имени или прозвищу Паечко. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Павел (через украинские варианты Павло, Павлусь, Паечко) или, что реже, от имени Паисий (церковное имя греческого происхождения, означающее «ребёнок»).

Украинский суффикс -енко здесь не просто родовой маркер, а указание на происхождение: Паеченко — буквально «сын Паечка». Такая модель была особенно распространена в Левобережной и Степной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Запорожье), где фамилии на -енко в XVII–XVIII веках стали массовыми у казачества и крестьянства. Это не дворянская, а народная фамилия, носители которой скорее всего были ремесленниками, хлеборобами или мелкими служилыми людьми.

Спорный момент — связь с глаголом «паять». Хотя в русском языке существует слово «паяц» (шут, от итал. pagliaccio), и теоретически можно предположить прозвище Паяц, но для украинской фонетики это маловероятно: фамилия пишется через «е» (Паеченко, не Паяченко), и ударение в большинстве говоров падает на второй слог — Пае́ченко. Поэтому версия с личным именем Павел остаётся основной.

В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в основном в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях, что подтверждает её украинское происхождение. После переселений XIX–XX веков Паеченко появились и в других регионах, но исходный ареал — среднее Поднепровье. Сословно — почти всегда крестьяне или казаки, без привязки к шляхте.