Фамилия Пагченко — один из тех случаев, когда внешняя простота обманчива. На слух она звучит как типичная украинская фамилия с суффиксом -енко, который обозначает потомка или принадлежность («чей?» — Пагченко, то есть сын Пагчи). Но проблема в том, что имя или прозвище «Пагча» (или «Пагч») в славянской ономастике не зафиксировано как распространённое. Это не опечатка, а скорее указание на необычную или диалектную основу.

Скорее всего, в основе лежит прозвище от глагола «пагчить» или «пачкать». В южнорусских и украинских говорах «пагчить» означало «пачкать, марать, грязнить». Человек, получивший прозвище Пагча, мог быть неопрятным в быту или, наоборот, работать с грязью — например, гончаром или печником. Суффикс -енко, характерный для левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина), указывает, что фамилия закрепилась именно там, где такие прозвища были в ходу.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским словом «паг» (бак, сосуд) или «пагча» (садовник, от персидского «багча» — садик). В таком случае фамилия могла принадлежать потомку выходца из Крымского ханства или Османской империи, который служил садовником или торговал посудой. Однако украинский суффикс -енко с тюркской основой — сочетание редкое; обычно такие фамилии оканчиваются на -ов (-ев). Поэтому версия с «пачкать» выглядит убедительнее.

Фамилия Пагченко не относится к дворянским или старинным боярским — её носители, скорее всего, были казаками или крестьянами. В реестрах запорожских казаков XVII–XVIII веков встречаются похожие прозвища (Пагча, Пагченя), но под фамилией Пагченко они не фиксировались. Сегодня фамилия редкая, встречается в основном в центральной Украине и южных областях России, куда переселялись украинцы в XIX веке.