Фамилия Пахлюев — один из тех случаев, когда написание обманчиво, а корень прячется за буквой «х». На слух её легко принять за производное от какого-нибудь «пахнуть» или «пахота», но на самом деле основа здесь — имя Пахом. Это разговорная, народная форма канонического имени Пахомий, которое пришло из греческого и означало «широкоплечий». В русском быту имя Пахом обросло уменьшительными вариантами: Пахомка, Пахомушка, а также Пахля и Пахлюй. От этой последней, просторечной формы и пошла фамилия.

Суффикс -ев указывает на типичную модель образования: сын Пахлюя, то есть потомок человека, которого в обиходе звали Пахлюем. Такая фамилия — ровесница большинства русских крестьянских и мещанских родов, оформившихся в XV–XVII веках. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывали от полных имен, форма на -ев от усеченного прозвища встречается реже и говорит о более неформальном, домашнем происхождении.

Интересно, что фамилия Пахлюев могла закрепиться и в среде духовенства. Священники нередко меняли фамилии при поступлении в семинарию, искусственно «облагораживая» их, но бывали случаи, когда оставляли и народный вариант. Однако для Пахлюева более вероятно крестьянское или посадское происхождение: в переписных книгах XVII–XVIII веков Пахомы и их потомки встречаются в центральных губерниях, особенно в Рязанской и Тамбовской.

В современной России фамилия редкая, но не исчезнувшая. Её носители живут в основном в Поволжье и на юге страны. Если вы Пахлюев, то ваши предки почти наверняка были людьми, которых звали по отцу-Пахому, а со временем прозвище Пахлюй стало родовым именем — без всякого негативного оттенка, просто как бытовая метка, закрепившаяся в документах.