Фамилия Пахряев — редкий образец русской фамилии, образованной от прозвища, которое, скорее всего, связано с диалектным глаголом «пахрять». В центральных и северных говорах это слово означало «идти с трудом, ковылять, брести», а также «работать неспешно, возиться». Человек, получивший такое прозвище, мог быть медлительным, неуклюжим или, наоборот, настойчивым, но тяжелым на подъем.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединяется к основе Пахряй. Форма на -ай характерна для прозвищ, часто с оттенком действия или качества (ср. Шустряй, Болтай, Ковыряй). В данном случае Пахряй — это человек, который постоянно «пахряет», то есть либо ковыляет, либо возится с делом. Вариантов ударения два: на первый слог (П́ахряев) и на второй (Пахр́яев), второй звучит более естественно для фамилий на -яев.

Встречается фамилия крайне редко, в основном в Поволжье и на Урале. В документах XVIII–XIX веков можно найти крестьян и мещан с такой фамилией, что подтверждает её народное, а не дворянское происхождение. Ономастические словари (например, работы В. А. Никонова) не выделяют Пахряева в отдельную статью, но по аналогии с фамилиями вроде Пахомов или Пахотин можно уверенно говорить о связи с местным говором.

Версия о происхождении от крестильного имени Пахом (разговорная форма Пахря) менее вероятна: имя Пахом дало бы форму Пахомов, а Пахря — это скорее просторечное искажение, не закрепившееся в фамильной модели. Таким образом, Пахряев — это фамилия-прозвище, которая буквально описывает образ жизни или характер предка: неспешного, основательного труженика, который всё делает обстоятельно, пусть и не быстро.