Фамилия Палканинец — редкий случай, когда географическое прозвище читается почти буквально. Её основа — топоним Палканы или Палканин. Так могли называть выходца из населённого пункта с похожим названием. На слуху польский город Пелканы (Pełkany) или белорусская деревня Палканы в Витебской области, но точных сведений, какой именно топоним лёг в основу, нет. Суффикс -ец в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность к местности: «Палканинец» — это «житель Палканов» или «тот, кто родом из Палканина».

Словообразовательная модель здесь необычная. Вместо короткого «Палканов» или «Палканский» мы видим полную форму с суффиксом -ин- и -ец. Это характерно для фамилий, которые закрепились в устной речи как прозвище по месту жительства, а не как официальная запись в документах. В говорах «палканинец» могло звучать иронично или обиходно, без книжного оттенка. Сравните с фамилиями Галичанин, Тверитин, Ржевитин — там принцип тот же: основа — название города или села, суффикс указывает на происхождение.

Корень «палк-» может относиться к слову «палка» (в значении «жердь, дубина»), но для географического названия это маловероятно. Скорее всего, топоним Палканы восходит к антропониму — личному имени Палка (уменьшительное от Павел, Поликарп или даже польского Павел). В старых польских и белорусских документах встречаются прозвища Палка, Палко, от которых образовывали названия деревень.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается: «Палканинец» — это прозвище, а не дворянская фамилия. Встретить её можно в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, в зоне контакта польских и восточнославянских говоров. Единственная особенность написания — окончание «-инец» вместо более частого «-овец» или «-ский», что делает фамилию узнаваемой и непохожей на соседние.