Фамилия Паньканинец звучит необычно и сразу выдает региональное происхождение. Её основа — имя Панька, которое является уменьшительной формой от канонического имени Пантелеймон (в просторечии — Пантелей, Панько). Пантелеймон в переводе с греческого означает «всемилостивый», но в быту имя стало настолько популярным, что дало множество производных форм. Панька — одна из них, особенно характерная для западнорусских и украинских земель.

Главная особенность фамилии — суффикс «-инец». В русской ономастике он встречается реже, чем стандартные «-ов» или «-ин», и обычно указывает на прозвищное происхождение или принадлежность к определённой местности. Модель «Панька + -инец» означает «сын Паньки» или «человек, относящийся к Паньке». Такая форма часто возникала в среде крестьян и казаков, где отчество или прозвище закреплялось за потомками без добавления фамильного суффикса.

Вероятнее всего, фамилия возникла в тех регионах, где было сильно влияние малороссийского говора — на Украине, в Беларуси или в южнорусских губерниях (Курская, Воронежская, Харьковская). Там имя Панька было обычным, а суффикс «-инец» активно использовался для образования фамилий от личных имён и прозвищ. Сравните с однокоренными фамилиями: Паньков, Панькин, Панько — все они образованы от того же корня, но Паньканинец выделяется именно окончанием, которое точнее передаёт родственную связь.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта. Если существовала деревня или хутор Паньканино (или Паньканы), то житель такого места назывался «паньканинец». Однако документальных подтверждений этому нет, а сама фамилия встречается редко, что скорее говорит о её прозвищном, а не топонимическом происхождении.

Таким образом, предок носителя фамилии Паньканинец был, скорее всего, человеком по имени Панька (Пантелеймон), а его дети или внуки получили фамилию, указывающую на прямую связь с ним. В социальном плане это крестьянская или мещанская фамилия, без дворянского оттенка.