Фамилия Панаэтидис — яркий пример греческой модели образования фамилий, которая почти не встречается в русской ономастике. Её основа — греческое имя Панаэтис или прозвище, а суффикс -идис — типичный для греческих фамилий патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». То есть Панаэтидис буквально переводится как «сын Панаэтиса». В греческой традиции такие фамилии на -идис (и его варианты -адис, -опулос) массово закрепились в XIX веке после административных реформ, когда каждому жителю Греции предписали иметь наследственную фамилию.

Само имя Панаэтис, скорее всего, восходит к греческому словосочетанию «пан аэтис» — «всегда летящий» или «вечный странник». В бытовой среде так могли прозвать человека непоседливого, часто менявшего место жительства или торговца, который постоянно был в дороге. Впрочем, возможна и более прозаичная версия: Панаэтис — это местный вариант имени Панайотис (от греческого «Панагия» — Пресвятая Богородица), сильно искажённый в диалектах. Тогда фамилия означала бы «сын Панайотиса» и была бы религиозной по происхождению. Первая версия кажется правдоподобнее, потому что имя Панаэтис фиксируется в исторических записях именно как прозвищное, а не каноническое.

Географически фамилия Панаэтидис встречается в основном среди греческих общин, но в России её носители — почти всегда потомки греческих переселенцев, которые приехали в страну в разное время: в XVIII–XIX веках (в Причерноморье и на Кавказ) или в XX веке, в ходе репатриации советских греков. В русском языке фамилия сохранила исходное ударение на последнем слоге — Панаэти́дис, хотя в бытовой речи иногда смещается на третий слог.

Словообразовательная модель на -идис делает фамилию легко узнаваемой, но одновременно редкой для русского уха: в отличие от фамилий на -ов или -ин, она не склоняется по падежам, что иногда создаёт путаницу в документах. Социальный статус предков-носителей определить сложно: греческие фамилии такого типа могли принадлежать как крестьянам и ремесленникам, так и купцам, поскольку суффикс указывает на родство, а не на сословие. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия недвусмысленно говорит о греческих корнях и о том, что её основатель жил в среде, где ценили прозвища, описывающие характер или образ жизни.