Фамилия Панаётидис — яркий пример греческой модели образования фамилий, которая почти не встречается у других народов. Её основа — личное имя Панаётис, а суффикс -идис указывает на принадлежность к роду: «сын Панаётиса». В греческой ономастике суффиксы -идис, -адис, -опулос выполняют ту же роль, что русские -ов и -ин, но с одной особенностью: -идис особенно распространён в Малой Азии и на островах Эгейского моря, откуда после обмена населением в 1920-х годах многие греки переселились в материковую Грецию и диаспору.

Само имя Панаётис — одно из самых популярных в Греции, его носит примерно каждый двадцатый мужчина. В переводе с греческого оно означает «всесвятой» (от παν — «весь» и άγιος — «святой») и является эпитетом Богородицы. Поэтому фамилия Панаётидис буквально значит «потомок Всесвятого» — не в смысле прямого родства, а как указание на то, что предок был назван в честь этого церковного имени.

В русском контексте фамилия Панаётидис — редкий гость. Она могла появиться в России или странах бывшего СССР вместе с греческими переселенцами: например, во время массового исхода греков из Турции в 1910–1920-е годы или среди понтийских греков, осевших на юге Украины и в Грузии ещё в XIX веке. Из-за особенностей русской орфографии фамилию иногда записывали как Панаетидис или Панайотидис, но форма с буквой «ё» точнее передаёт греческое произношение.

С социальной точки зрения фамилия не указывает на знатное происхождение: в Греции -идис — массовый суффикс, который носили и крестьяне, и горожане. Однако в русскоязычной среде носитель такой фамилии почти наверняка сохраняет греческие корни, и по ней можно с высокой вероятностью определить этническое происхождение семьи, даже если фамилия русифицирована в написании.