Фамилия Панаетов — редкий случай, когда греческое происхождение очевидно, но путь в русский язык прошёл не через духовенство, а через торговлю и южные регионы. Основа фамилии — греческое имя Панает (Παναγιώτης, Panayiotis), которое является народной формой от Панайотис, что значит «всесвятой» (от παν — «всё» и άγιος — «святой»). В греческой традиции это имя давали в честь Богородицы, Панагии. Русский суффикс -ов указывает на типичную модель «чей?»: Панаетов — сын или потомок Панаета.

Интересно, что фамилия не получила церковнославянского оформления — не превратилась в Панагиотов или Панаетский. Это выдаёт светское, бытовое происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были не священниками, а греческими купцами или переселенцами, которые осели на юге Российской империи — в Одессе, Таганроге, Мариуполе, Крыму. В XIX веке греческие колонии в Причерноморье активно пополнялись выходцами из Османской империи, и многие из них брали фамилии по отцу с русским окончанием -ов, чтобы интегрироваться в сословную систему.

Встречается и вариант Панаетов с ударением на второй слог — Пана́етов, что ближе к греческому произношению. Редкость фамилии (по данным переписей, её носят буквально несколько сотен человек в России) объясняется узким ареалом бытования: основная масса сосредоточена в Краснодарском крае и Ростовской области, с небольшими вкраплениями в Москве.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Панаетов стоит особняком: Панаев — более распространённая и часто связана с тюркским корнем (от «пана» — «покровитель»), а Панаетов чётко держится греческого источника. Спорных версий тут нет: все ономасты сходятся на греческом имени Панает, и попытки вывести фамилию от славянского «пана» или «панать» не выдерживают критики — таких слов в русском языке не существовало.