Основой фамилии Панаитов послужило церковное имя Панаит. Имя Панаит восходит к греческому слову panaitios – «виновный во всем». Однако у слова «вина» в данном случае другое значение – «причина». Панаитом, как известно, поэты называли Зевса. Таким образом, буквальный перевод этого имени на русский язык может звучать как «причина всего, устроитель (мира)». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панаит, со временем получил фамилию Панаитов.