Фамилия Панаитов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Панаитов послужило церковное имя Панаит. Имя Панаит восходит к греческому слову panaitios – «виновный во всем». Однако у слова «вина» в данном случае другое значение – «причина». Панаитом, как известно, поэты называли Зевса. Таким образом, буквальный перевод этого имени на русский язык может звучать как «причина всего, устроитель (мира)». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панаит, со временем получил фамилию Панаитов. О точном месте и времени возникновения фамилии Панаитов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Панаитов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.