Фамилия Панаити — это, скорее всего, фонетический вариант греческой фамилии Панайоти. Разница в написании возникла из-за особенностей произношения и передачи греческих звуков на русский язык, поэтому обе формы стоит рассматривать как родственные.

Основа фамилии — крестильное имя Панайот (в другом написании — Панагиот). Оно восходит к греческим корням pan — «всё» и hagios — «священный, святой». Смысл имени — «всесвятый». Святым покровителем считается мученик Панагиот Кесарийский. В православной традиции имя, данное в честь святого или мученика, устанавливало незримую связь с покровителем: считалось, что жизнь человека будет либо благой и светлой, либо трудной, — в зависимости от того, как сложится эта связь.

На греческое происхождение дополнительно указывает суффикс -и. В русском языке фамилии с таким окончанием встречаются редко и почти всегда восходят к греческим или южнославянским образцам. Здесь он сохраняет исходную форму без типичной для русской ономастики русификации.

Носители фамилии Панаити, как правило, имеют корни в среде греческих переселенцев, которые селились в Причерноморье, Крыму и на юге Российской империи. Встречается она и в румынском языковом пространстве, где также бытует как заимствованная греческая фамилия. Однозначно утверждать, из какого именно региона пришла конкретная ветвь рода, без генеалогических изысканий нельзя, но сам тип фамилии указывает на православное греческое наследие.

Интересно, что форма Панаити не получила массового распространения и осталась относительно редкой. Это позволяет предположить, что она закрепилась в одном или нескольких семейных кланах, которые сохраняли написание в течение поколений, не адаптируя его под русские суффиксы -ов или -ев.