Фамилия Панайоти — редкий для русской ономастики случай, когда фамилия не обрусела и сохранила греческую форму. Она образована от крестильного имени Панайот (в другом написании — Панагиот), которое восходит к греческим основам pan — «всё» и hagios — «священный, святой». Следовательно, имя означает «всесвятый». Это один из эпитетов Богородицы, что напрямую связывает фамилию с православной традицией.

Покровителем имени считается мученик Панагиот Кесарийский. В народной среде бытовало поверье: нарекая ребёнка в честь святого или мученика, родители либо обеспечивали ему благую и светлую судьбу, либо, напротив, трудную — в зависимости от того, как сложится незримая связь между человеком и его небесным заступником. Эта двойственность отражает архаичное отношение к имени как к судьбоносному коду.

Суффикс -и в конце фамилии — не русский патронимический показатель, а греческое окончание, которое закрепилось в написании. В греческой традиции фамилии часто передавались через родительный падеж или просто фиксировались в начальной форме, и форма Панайоти указывает на происхождение носителя из греческой среды. В России такая фамилия встречается преимущественно у потомков греческих переселенцев — например, в Приазовье или в крупных портовых городах, куда греки перебирались с XVIII века.

Словообразовательная модель здесь необычна: в русском языке фамилии от имён обычно получали суффиксы -ов, -ин или -ский. Панайоти же осталась без этих добавок, что делает её прозрачной для этимолога, но чужеродной для привычной русской системы фамилий. По сути, это не адаптированная, а перенесённая фамилия, и её форма сама по себе говорит о культурных корнях носителя.

Если говорить о правдоподобности версий, то связь с греческим именем Панайот — единственная убедительная. Альтернативные объяснения, например, от тюркских или славянских корней, не выдерживают критики: фонетический облик слова слишком специфичен и не находит параллелей в других языках. Поэтому фамилию стоит рассматривать как прямой маркер греческого происхождения, а не как результат случайного звукового совпадения.

В русском быту фамилию могли коверкать, добавляя окончания или упрощая произношение, но письменная форма, как правило, сохраняла исходный вид. Это объясняется тем, что носители дорожили связью с родиной предков и не стремились русифицировать родовое имя. Сегодня Панайоти — редкая фамилия, и её обладатели, вероятно, могут проследить свою родословную до греческих общин, где имя Панайот было распространено в честь Богородицы.