Фамилия Панайоти образована от имени Панайот (в другом написании Панагиот). Это имя имеет греческое происхождение и восходит к двум основам: pan - «всё» и hagios — «священный, святой». Таким образом, имя Панайот означает «всесвятый». Святым покровителем этого имени является мученик Панагиот Кесарийский. У православных считалось, что если дать ребёнку имя святого или мученика, его жизнь будет благой и светлой или же напротив трудной, потому что существует незримая связь между именем и его святым покровителем. Суффикс -и дополнительно указывает на греческое происхождение фамилии Панайоти.