Фамилия Панайотиди напрямую отвечает на вопрос о происхождении своего носителя: она образована от греческого мужского имени Панайот и указывает на потомка человека с этим именем. Формант -иди в греческой ономастике — классический патронимический суффикс, который буквально означает «сын» или «потомок». Если русские фамилии на -ов/-ев отвечают на вопрос «чей?», то греческие на -иди строятся по той же логике родства, только более прозрачно: Панайотиди — это «те, кто из рода Панайота».

Само имя Панайот (встречается также написание Панагиот) имеет два основных толкования, и оба заслуживают внимания. Первое, самое распространённое, возводит его к греческому сочетанию, означающему «пресвятой» — это один из эпитетов Богородицы, и имя часто давали в честь неё. Второе, более редкое и неожиданное, отсылает к древнегреческому слову panaitios. Здесь важно не попасть в ловушку современного звучания: «виновный во всем» в античном контексте означало не «провинившийся», а «являющийся причиной всего». У слова «вина» было и значение «причина», «исток». Именно поэтому поэты называли Зевса Панайтосом — как устроителя мира, первопричину бытия. Буквальный перевод этого варианта имени — «причина всего, устроитель».

Какая из версий верна для конкретной семьи — сказать сложно, но правдоподобнее выглядит первая, связанная с христианской традицией. Имя Панайот было широко распространено в православной Греции и среди греческого населения Малой Азии, а эпитет «Пресвятой» относился к Богородице, одной из самых почитаемых фигур. Второй вариант, с Зевсом, — скорее книжная редкость, хотя и не лишённая оснований: в греческой культуре христианские имена нередко наслаивались на более древние языческие смыслы.

Фамилия Панайотиди — типичный пример греческой фамилии, которая не прошла русификацию и сохранила свою национальную форму. В России и странах бывшего СССР такие фамилии встречаются у потомков греческих переселенцев, которые массово приезжали в Причерноморье, на Кубань и в другие регионы в XIX–XX веках. В отличие от многих греческих фамилий, которые адаптировали под русские окончания (например, Панайотов), форма на -иди осталась нетронутой, что делает её ярким маркером национальной идентичности. Сама фамилия звучит как краткий рассказ о предке: человек по имени Панайот, уважаемый в своей общине, дал начало роду, который носит его имя уже несколько поколений.