Фамилия Панайотова образована от мужского крестильного имени Панайот, которое в другом написании звучит как Панагиот. Это имя пришло в русскую традицию вместе с христианством из Византии, а в переводе с греческого означает «пресвятой». В греческом языке это слово — эпитет Богородицы, и в старину его нередко давали при крещении, подчёркивая особую духовную значимость имени.

Словообразовательная модель здесь простая и древняя: к основе Панайот добавили притяжательный суффикс -ов, который указывал на принадлежность, а затем — окончание -а, характерное для женской формы фамилии. Изначально Панайотова — это «дочь или жена Панайота», и лишь позже фамилия закрепилась за целым родом. Такая схема типична для русских фамилий, возникших от полных крестильных имён, и она же встречается у множества других родов, например, у тех, кто носит фамилии Иванов или Петров.

Скорее всего, основатель рода Панайотовых обладал высоким социальным статусом. В крестьянской среде такие редкие, книжные имена встречались нечасто, а вот среди духовенства, купечества и образованных горожан они были более распространены. Поэтому можно предположить, что первые носители фамилии принадлежали к среде, где ценили грамотность и следовали церковной традиции имянаречения.

Интересно, что фамилия сохранила архаичное написание через «о» — Панайотова, тогда как в греческом оригинале чаще встречается форма Панагиот. Это говорит о том, что имя попало в русский язык через южнославянское или церковнославянское посредничество, где греческое «ги» переходило в «й». Такая деталь позволяет отличить эту фамилию от более поздних заимствований и указывает на давние корни рода.

Сегодня фамилия Панайотова встречается редко, что неудивительно: исходное имя никогда не было массовым. Но именно эта редкость делает её ценной для тех, кто изучает историю своей семьи, — она не растворяется в толпе однотипных родовых прозваний и хорошо прослеживается по документам.