Фамилия Панайоту — одна из тех, что сразу выдают носителя с корнями в греческой культуре, но на русской почве она выглядит необычно и даже немного загадочно. Её основа — греческое имя Панайотис (Παναγιώτης), которое переводится как «всесвятой» и образовано от слов «пан» (весь) и «агиос» (святой). Это имя очень распространено в Греции и на Кипре, его давали в честь Богородицы, которую часто называют Панагия (Всесвятая). Фамилия Панайоту — это, по сути, родительный падеж от имени Панайотис, то есть буквально «из рода Панайотиса». В греческой традиции такие фамилии на -у часто указывали на принадлежность к семье или роду, и они не менялись по родам: и мужчина, и женщина могли носить Панайоту.

Если говорить о том, как эта фамилия оказалась в русском контексте, то здесь два основных пути. Первый — через греческие диаспоры, которые веками жили в Причерноморье, на Кубани, в Одессе и других южных регионах Российской империи. Греки-понтийцы, переселенцы из Малой Азии и с Балкан, привозили с собой такие фамилии. Второй путь — более поздний, связанный с браками или эмиграцией в XX веке. В любом случае, для русского уха фамилия звучит как явно иноязычное заимствование, и её никогда не русифицировали суффиксами вроде -ов или -ин, что само по себе редкость.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для новогреческого языка: личное имя плюс окончание родительного падежа -у. В отличие от русских фамилий, где суффикс указывает на отчество или прозвище, греческий вариант сразу говорит: «сын или дочь такого-то». В ономастике этот тип называют патронимическим, и он встречается не только в Греции, но и, например, в Молдавии или Румынии, где тоже есть фамилии на -у (Куку, Дору). Однако Панайоту — чисто греческая, и её носители почти наверняка имеют прямое отношение к греческой культуре или православию.

В русскоязычном пространстве фамилия встречается редко, и её часто путают с написанием через «о» — Панайотто или Панайотов. Но именно форма Панайоту — самая аутентичная, без изменений. Если вы встретили её в старых метрических книгах, скорее всего, предки были греческими купцами, моряками или священниками, которые осели в портовых городах. Никаких данных о массовом распространении в России нет — это штучный случай, и каждая ветвь, вероятно, имеет свою историю миграции.